Nació hacia el año 1154 en el pueblecito alpino de Faucon, departamento de los Alpes Bajos, región de Provenza, Francia. Los padres de Juan fueron Eufemio de Mata, barón de Mata, de origen español y Marta de Fenouillet, noble señora de una familia acomodada de Marsella.

Los primeros estudios (gramática) los hizo en su pueblo natal, Faucon. Luego cursó las artes liberales y la filosofía, hasta la edad aproximada de 20 años, una parte en Aix-en-Provence, capital de la Provenza, y otra en Marsella. Aquí, en Marsella, su piadosa madre le acercó al conocimiento y al amor de los pobres y desheredados. Le hizo visitar también los hospitales y las cárceles.

Deseando hacer la carrera eclesiástica, y dado que su familia podía permitirse pagarle el viaje y los estudios en París, se trasladó allí para cursar los estudios teológicos en el Studium o escuela de la catedral, de donde surgirá la famosa universidad de la Sorbona (1206). París era el centro intelectual de Europa y Francia, la plataforma principal para organizar las cruzadas.

Juan de Mata estudió y enseñó la teología bajo la dirección del maestro italiano Guillermo Prevostino. Autores del siglo XIII llaman a Juan «magíster theologus» (maestro teólogo), lo cual alude al hecho de que, con el título académico correspondiente, durante algún tiempo fue también profesor de teología (años 1190-1193).

En París, estudiando teología, se consolidó su deseo, ya despuntado en su juventud, de entrar en alguna orden religiosa. Algunas circunstancias que influyeron en su vocación fueron: el intenso ambiente religioso de la época (época de cristiandad), particularmente en Provenza; los estudios eclesiásticos en sí; la relación con los monjes de la abadía de San Victor de París; el conocimiento directo de una sociedad esclavista y del acoso de los musulmanes a los países cristianos europeos...

La guerra santa de los musulmanes frente a las cruzadas de los cristianos daba origen a un intenso tráfico de esclavos. Los ataques de los moros a los países cristianos, sobre todo en las costas mediterráneas, dejaban como resultado miles y miles de cautivos en Palestina, norte de África, España, etc. El año 1187 Saladino, «látigo de los cristianos», venció a las tropas cristianas en Hattin y tomó Jerusalén arrasando templos y monasterios (sólo respetó el Santo Sepulcro). Esta catástrofe resonó con fuerza en París.

La caída de Jerusalén motivó la organización de la tercera cruzada (1189-1192), en la que participaron todos los monarcas del Sacro Romano Imperio, entre ellos, Felipe Augusto (Francia), Ricardo Corazón de León (Inglaterra) y Federico Barbarroja (Alemania). Esta cruzada fracasó y las tropas cristianas fueron aplastadas a las puertas de Jerusalén, lo cual generó un sinnúmero de nuevos cautivos. Por aquellos años se registra en España la invasión de 300.000 bereberes almohades, que suplantan a los almorávides y amenazan a ciudades importantes como Toledo (1195).

Un relato anónimo de la primera mitad del siglo XIII cuenta la experiencia que vivió Juan de Mata durante la celebración solemne de su primera misa en París, que tuvo lugar el 28 de enero de 1193: «Juan invitó a su primera misa al obispo de París, al abad de San Victor y a Prevostino, que había sido su maestro. En el momento central de la misa suplicó al Señor que, si era su voluntad, le mostrase en qué orden religiosa podía ingresar con toda seguridad. Y elevando los ojos al cielo, se le apareció el mismo Señor sosteniendo en sus manos a dos hombres encadenados por las tibias: uno negro y feo, y el otro blanco y pálido».

Como prueba de que esa visión fue auténtica e hizo comprender a Juan de Mata que Dios le llamaba a fundar una nueva orden religiosa para ocuparse del rescate de los cautivos, el mismo Santo mandó colocar hacia el año 1210 en la fachada principal del hospital de Santo Tomás in Formis, de Roma, un hermoso mosaico circular, que aún hoy existe. En él vemos a Jesucristo sentado en un trono (el Cristo Pantocrator de la historia del arte), con dos hombres a los lados cogidos de los brazos (uno negro y el otro blanco).

Percibida la llamada divina, Juan se retiró a meditar y rezar para comprender mejor su misión, a un lugar solitario y boscoso, distante unos 80 kilómetros de París, llamado Cerfroid (Ciervo Frío). Allí encontró a un grupo de cuatro ermitaños, a los que contó su experiencia de la primera misa y su plan de fundar una orden religiosa. El principal de estos ermitaños era Félix de Valois. Todos ellos se le unieron en su proyecto fundacional. En 1194 creó en el mismo lugar de Cerfroid la primera comunidad de trinitarios. En seguida, gracias a algunas donaciones de terrenos y nuevos discípulos, fundó otras dos casas.

Considerando que, para dedicarse al rescate de cautivos en muchos países, necesitaba el apoyo del Papa, Juan de Mata acudió en 1198 a Roma para someter al juicio de Inocencio III su plan y la Regla que había compuesto para la nueva orden. Dicho Papa, después de examinar atentamente el asunto y hacer algunas consultas al obispo de París y al abad de San Victor (París), aprobó la Regla de San Juan de Mata con una bula del 17 de diciembre de 1198.

Entre otras bulas de apoyo que obtuvo del Papa, Juan consiguió también una carta de Inocencio III (8 de marzo de 1199) dirigida al rey de Marruecos, con la que le presentaba a los trinitarios y su misión de ocuparse de los cautivos. Por los meses de abril y mayo de ese año el propio Juan llevó la carta al rey de Marruecos y realizó la primera redención de cautivos, trasladándolos a Marsella.

Luego el Santo se dedicó a fundar varias casas en el sur de Francia (la más importante, la de Marsella), para organizar mejor las expediciones redentoras. Buscaba la cercanía a las líneas musulmanas y a los grandes puertos de mar para realizar mejor la misión redentora. Fundó también varias casas en España, que estaba medio invadida por los moros: Avingaña (Lérida), Toledo, Segovia, Burgos... Al mismo tiempo mandaba grupos de trinitarios al norte de África, a Valencia, a Granada, a Palestina y Oriente Medio, etc., a rescatar cautivos. En Oriente Medio prestaron también su asistencia espiritual a los cruzados y establecieron cuatro casas (San Juan de Arce, Cesarea, Beirut y Jafa). A él mismo se atribuyen dos redenciones efectuadas en 1207-1208: en Córdoba y Valencia.

En 1208 Inocencio III donó a Juan de Mata una gran casa, que había sido antes abadía cisterciense, en Roma, cerca del Coliseo: Santo Tomás in Formis, que el Santo convirtió enseguida en hospital para acoger y curar a los cautivos. Allí puso, como hemos dicho, el mosaico que refleja plásticamente la misión principal de los trinitarios. En esta casa de Roma murió Juan de Mata el 17 de diciembre de 1213.

Dejaba una treintena de casas o comunidades de trinitarios. En la mayor parte de ellas puso también hospitales, donde los religiosos atendían no sólo a los cautivos liberados (que, antes de ser devueltos a sus familias, necesitaban recuperarse físicamente), sino también a los pobres y enfermos indigentes del lugar donde residían.

Juan de Mata fue venerado por los trinitarios como padre y ejemplo de vida desde el siglo XIII, pero fue en el siglo XVII cuando, en conformidad con una serie de nuevas disposiciones sobre la veneración de los santos decretadas por el papa Urbano VIII, se instruyeron en Roma, Burgos y Madrid los procesos canónicos de cultu ab immemorabili (acerca del culto inmemorial) tributado a Juan de Mata (y Félix de Valois, su principal colaborador).

Y así, tras esos procesos, Alejandro VII, con bula del 21 de octubre de 1666, reconoció oficialmente (lo cual equivale a una canonización) el culto inmemorial tributado a Juan de Mata, fundador de la Orden de la Santísima Trinidad. Luego, el papa Clemente IX, aprobó su misa y oficio propios. Clemente X, al inscribir el nombre del Santo en el martirologio romano (1670), fijó su fiesta el 17 de diciembre.

La fiesta litúrgica de San Juan de Mata se celebra en principio el día 17 de diciembre, fecha de un doble aniversario importante: de la aprobación de su Regla (17-XII-1198) y de la muerte del Santo (17-XII-1213).