Antes de la desamortización de Mendizábal, según diferentes documentos consultados, se hace referencia al colegio de los Padres Trinitarios, funcionando como centro educativo y vocacional.

Después de la desamortización, la Orden vuelve a Valdepeñas en los años 40. A partir de esta época, se vuelve a la labor educativa, poniéndole en funcionamiento un escuela unitaria.

Durante estos últimos 55 años, el centro ha sufrido obras y transformaciones, para adaptarse a las diferentes normas y leyes educativas.

En los años 70 el colegio queda subvencionado, funcionando como centro de E.G.B. Posteriormente para adaptarse a los cambios educativos, aumentó con E. Infantil, E. Primaria y Secundaria (primer y segundo ciclo), lo que supuso una profunda modificación del Centro.

En la actualidad, el Centro Santísima Trinidad está concertado por la Junta de Comunidades de Castilla La Mancha.

El colegio está ubicado en el entorno de la Iglesia de la Santísima Trinidad, monumento histórico del siglo XVII.